מבחינת יישומים, כדורים מגנטיים יכולים לשמש להתפתחות אינטלקטואלית של ילדים, לעזור להם להבין צורות גיאומטריות ומבנים מרחביים; הם יכולים לשמש גם מבוגרים כדי להפיג מתח, ולאפשר להם להירגע על ידי משחק עם הכדורים המגנטיים; בנוסף, כדורים מגנטיים משמשים בניסויים מדעיים כדי להדגים את העקרונות הבסיסיים של שדות וכוחות מגנטיים.
בעת שימוש בכדורים מגנטיים, יש לשים לב לנקודות הבאות: ראשית, מכיוון שלכדורים מגנטיים יש מגנטיות חזקה, הימנע מהצבתם ליד מכשירים אלקטרוניים כדי למנוע הפרעה לפעולתם הרגילה; שנית, כדורים מגנטיים אינם מתאימים לילדים צעירים, שכן בליעה מקרית עלולה לגרום לבעיות בריאותיות חמורות; לבסוף, הימנע מחשיפה ממושכת של כדורים מגנטיים לטמפרטורות גבוהות, מכיוון שהדבר עלול להשפיע על המגנטיות שלהם.